Powstał w 1951 roku z inicjatywy Józefa Suwary. Zespół wykonywał dzieła Krzysztofa Pendereckiego (Pasja wg św. Łukasza, Jutrznia, Magnificat), koncertując w wielu krajach Europy, a także w Libanie i Iranie. Za nagranie płyty z Pasją wg św. Łukasza chór otrzymał nagrodę Grand Prix du disque. Chór był wielokrotnie zapraszany do współpracy przez polskie orkiestry, uczestniczył też w festiwalach, takich jak: Vratislavia Cantans, Warszawska Jesień, Muzyka w Starym Krakowie, Festiwal Muzyki Polskiej i Festiwal Muzyki Filmowej. Zespół współpracował z Jackiem Wójcickim, Grzegorzem Turnauem i Zbigniewem Wodeckim, a także brał udział w prawykonaniu Requiem dla mojego przyjaciela oraz w nagraniu ścieżki dźwiękowej do filmu Tajemniczy ogród Agnieszki Holland i kolęd Zbigniewa Preisnera. Po 70 latach działalności Chór Chłopięcy Filharmonii Krakowskiej poszerzył swoją działalność i utworzył sekcję Chóru Dziewczęcego. Chór występuje w salach filharmonicznych, w kościołach, dla szkół i podczas koncertów charytatywnych, prezentując rozmaity repertuar, w tym utwory skomponowane specjalnie dla zespołu.
